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Registro Completo |
Biblioteca(s): |
Embrapa Soja. |
Data corrente: |
03/05/2013 |
Data da última atualização: |
16/09/2017 |
Tipo da produção científica: |
Orientação de Tese de Pós-Graduação |
Autoria: |
SIQUEIRA, A. F. |
Afiliação: |
ARTHUR FERNANDES SIQUEIRA, UEL - Mestrando. |
Título: |
Genômica estrutural e papel dos transportadores ABC em Bradyrhizobium japonicum Estirpes CPAC 15 e CPAC 7. |
Ano de publicação: |
2013 |
Fonte/Imprenta: |
2013. |
Páginas: |
93 p. |
Idioma: |
Português |
Notas: |
Dissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual de Londrina, Londrina. |
Conteúdo: |
A cultura de soja (Glycine max (L.) Merrill) possui grande importância para a economia brasileira. Tal leguminosa é utilizada, principalmente, na alimentação humana e animal. Para o bom desenvolvimento da soja, são necessárias grandes quantidades de nitrogênio (N) e, para tornar isso possivel, a planta estabelece simbiose com bactérias do solo, principalmente do gênero Bradyrhizobium. No Brasil, Bradyrhizobium diazoefficiens estirpe CPAC 7 (= SEMIA 5080) e Bradyrhizobium japonicum estirpe CPAC 15 (= SEMIA 5079) são amplamente utilizadas como inoculantes para a cultura de soja. De forma a incrementar o conhecimento do potencial biotecnológico, o DNA genômico total de ambas estirpes foi submetido ao pirosequenciamento pela plataforma 454Flx (Roche). Em seguida, os reads foram montados utilizando ferramentas adequadas de bioinformatica e anotados automaticamente e manualmente pelo software denominado SABIA. Os resultados mostraram que há certa similaridade estrutural entre ambos os genomas no percentual de conteúdo CG (aprox. 63%) e percentual da porção codificadora do genoma (aprox. 82%). Contudo, o genoma da estirpe CPAC 15 se mostrou maior que CPAC 7 em, aproximadamente, 500.000 pb; além disso, houve conformidade com outras estirpes já sequenciadas, B. japonicum USDA 6T e B. diazoefficiens USDA 110T. Após a anotação, as regiões codificadoras do genoma (Open Read Frames, ORFs) foram classificadas em 18 categorias pelo banco de dados KEGG. Os transportadores desempenham importantes papéis na ecologia de tais bactérias, sendo assim, foram analisados os transportadores do tipo ABC de ions orgânicos e inorgânicos, oligossacarídeos, polióis, monossacarídeos, fosfato, aminoácidos, peptídeos, níquel, cátions metálicos, ferro-sideróforos e outros tipos de transportadores incluindo os ABC-2. Após a curação manual, a estirpe CPAC 7 apresentou maior número de transportadores de carboidratos em relação à CPAC 15, já a CPAC 15 apresentou maior número de transportadores relacionados à captação de opinas, fosfonatos e poliaminas em relação à CPAC 7. Possivelmente na estirpe CPAC 7 há um transportador de manopina, talvez o primeiro relatado em rizóbios, de interesse para estudos futuros. Os demais dados abrirão novas perspectivas para pesquisas futuras com essas estirpes, principalmente de natureza bioquímica para a aplicação biotecnológica. MenosA cultura de soja (Glycine max (L.) Merrill) possui grande importância para a economia brasileira. Tal leguminosa é utilizada, principalmente, na alimentação humana e animal. Para o bom desenvolvimento da soja, são necessárias grandes quantidades de nitrogênio (N) e, para tornar isso possivel, a planta estabelece simbiose com bactérias do solo, principalmente do gênero Bradyrhizobium. No Brasil, Bradyrhizobium diazoefficiens estirpe CPAC 7 (= SEMIA 5080) e Bradyrhizobium japonicum estirpe CPAC 15 (= SEMIA 5079) são amplamente utilizadas como inoculantes para a cultura de soja. De forma a incrementar o conhecimento do potencial biotecnológico, o DNA genômico total de ambas estirpes foi submetido ao pirosequenciamento pela plataforma 454Flx (Roche). Em seguida, os reads foram montados utilizando ferramentas adequadas de bioinformatica e anotados automaticamente e manualmente pelo software denominado SABIA. Os resultados mostraram que há certa similaridade estrutural entre ambos os genomas no percentual de conteúdo CG (aprox. 63%) e percentual da porção codificadora do genoma (aprox. 82%). Contudo, o genoma da estirpe CPAC 15 se mostrou maior que CPAC 7 em, aproximadamente, 500.000 pb; além disso, houve conformidade com outras estirpes já sequenciadas, B. japonicum USDA 6T e B. diazoefficiens USDA 110T. Após a anotação, as regiões codificadoras do genoma (Open Read Frames, ORFs) foram classificadas em 18 categorias pelo banco de dados KEGG. Os transportadores desempenham import... Mostrar Tudo |
Thesagro: |
Genoma. |
Categoria do assunto: |
-- |
URL: |
https://ainfo.cnptia.embrapa.br/digital/bitstream/item/163885/1/Siqueira-Arthur-F-Me-2013.pdf
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Marc: |
LEADER 02896nam a2200145 a 4500 001 1957092 005 2017-09-16 008 2013 bl uuuu m 00u1 u #d 100 1 $aSIQUEIRA, A. F. 245 $aGenômica estrutural e papel dos transportadores ABC em Bradyrhizobium japonicum Estirpes CPAC 15 e CPAC 7. 260 $a2013.$c2013 300 $a93 p. 500 $aDissertação (Mestrado em Biotecnologia) - Universidade Estadual de Londrina, Londrina. 520 $aA cultura de soja (Glycine max (L.) Merrill) possui grande importância para a economia brasileira. Tal leguminosa é utilizada, principalmente, na alimentação humana e animal. Para o bom desenvolvimento da soja, são necessárias grandes quantidades de nitrogênio (N) e, para tornar isso possivel, a planta estabelece simbiose com bactérias do solo, principalmente do gênero Bradyrhizobium. No Brasil, Bradyrhizobium diazoefficiens estirpe CPAC 7 (= SEMIA 5080) e Bradyrhizobium japonicum estirpe CPAC 15 (= SEMIA 5079) são amplamente utilizadas como inoculantes para a cultura de soja. De forma a incrementar o conhecimento do potencial biotecnológico, o DNA genômico total de ambas estirpes foi submetido ao pirosequenciamento pela plataforma 454Flx (Roche). Em seguida, os reads foram montados utilizando ferramentas adequadas de bioinformatica e anotados automaticamente e manualmente pelo software denominado SABIA. Os resultados mostraram que há certa similaridade estrutural entre ambos os genomas no percentual de conteúdo CG (aprox. 63%) e percentual da porção codificadora do genoma (aprox. 82%). Contudo, o genoma da estirpe CPAC 15 se mostrou maior que CPAC 7 em, aproximadamente, 500.000 pb; além disso, houve conformidade com outras estirpes já sequenciadas, B. japonicum USDA 6T e B. diazoefficiens USDA 110T. Após a anotação, as regiões codificadoras do genoma (Open Read Frames, ORFs) foram classificadas em 18 categorias pelo banco de dados KEGG. Os transportadores desempenham importantes papéis na ecologia de tais bactérias, sendo assim, foram analisados os transportadores do tipo ABC de ions orgânicos e inorgânicos, oligossacarídeos, polióis, monossacarídeos, fosfato, aminoácidos, peptídeos, níquel, cátions metálicos, ferro-sideróforos e outros tipos de transportadores incluindo os ABC-2. Após a curação manual, a estirpe CPAC 7 apresentou maior número de transportadores de carboidratos em relação à CPAC 15, já a CPAC 15 apresentou maior número de transportadores relacionados à captação de opinas, fosfonatos e poliaminas em relação à CPAC 7. Possivelmente na estirpe CPAC 7 há um transportador de manopina, talvez o primeiro relatado em rizóbios, de interesse para estudos futuros. Os demais dados abrirão novas perspectivas para pesquisas futuras com essas estirpes, principalmente de natureza bioquímica para a aplicação biotecnológica. 650 $aGenoma
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Embrapa Soja (CNPSO) |
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Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia; Embrapa Amazônia Oriental; Embrapa Florestas; Embrapa Pecuária Sudeste; Embrapa Solos. |
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8. | | SANTOS, G. A. dos; NUNES, A. C. P.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, L. D.; HIGA, A.; ASSIS, T. F. de. An index combining volume and Pilodyn penetration to study stability and adaptability of Eucalyptus multi-species hybrids in Rio Grande do Sul, Brazil. Australian Forestry,v. 79, n. 4, p. 248-255, 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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9. | | NUNES, A. C. P.; SANTOS, G. A.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, L. D.; HIGA, A. R.; ASSIS, T. F. Estabelecimento de zonas de melhoramento para clones de eucalipto no Rio Grande do Sul. Scientia Forestalis, Piracicaba, v. 44, n. 111, p. 563-574, set. 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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10. | | SANTOS, G. A.; NUNES, A. C. P.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, L. D.; HIGA, A.; ASSIS T. F. Genetic control and genotype-by-environment interaction of wood weight in Eucalyptus clones in the state of Rio Grande do Sul, Brazil. Revista Árvore, Viçosa, MG, v. 40, n. 5, p. 867-876, 2016.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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11. | | NUNES, A. C. P.; SANTOS, G. A. dos; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, L. D.; HIGA, A.; ASSIS, T. F. de. Qualidade da madeira e seleção indireta: estabelecimento de "zonas de melhoramento" de Eucalyptus no Estado do Rio Grande do Sul. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 8., 2015, Goiânia. O melhoramento de plantas, o futuro da agricultura e a soberania nacional: anais. Goiânia: SBMP: UFG, 2015. Resumo.Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
Biblioteca(s): Embrapa Florestas. |
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12. | | SANTOS, G. A.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, L. D.; HIGA, A.; ASSIS, T. F. Interação genótipos X ambientes para produtividade de clones de Eucalyptus L'Hér. no Estado do Rio Grande do Sul. Revista Árvore, Viçosa, MG, v. 39, n. 1, p. 81-91, 2015.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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15. | | RESENDE, M. D. V. de; ASSIS, T. F. de; GRATTAPAGLIA, D.; PIRES, I. E. Genética e melhoramento do eucalipto. In: VALE, A. B. do; MACHADO, C. C.; PIRES, J. M. M.; VILAR, M. B.; COSTA, C. B.; NACIF, A. de P. (Ed.). Eucaliptocultura no Brasil: silvicultura, manejo e ambiência. Viçosa, MG: SIF, 2014. p. 103-119.Tipo: Capítulo em Livro Técnico-Científico |
Biblioteca(s): Embrapa Florestas; Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia. |
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16. | | SANTOS, G. A.; RESENDE, M. D. V. de; SILVA, L. D.; HIGA, A.; ASSIS, T. F. Adaptabilidade de híbridos multiespécies de Eucalyptus ao estado do Rio Grande Do Sul. Revista Árvore, Viçosa, MG, v. 37, n. 4, p. 759-769, 2013.Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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